《中華人民共和國知識產權海關保護條例》(以下簡稱《條例》)沒有在總則中列出實施知識產權海關保護應當遵循的原則，但這些原則隱含在各章的條款中，主要可以概括為以下六項：

1.“預先備案”原則

隨著國際貿易的不斷發(fā)展，出入境領域的知識產權侵權行為也日益增多。社會各階層開始意識到保護知識產權的重要性，越來越多的企業(yè)和個人申請注冊商標權、專利權和著作權。截至2003年底，我國有效注冊商標190多萬件，加上國內外其他知識產權，可謂多如牛毛。對于如此大量的知識產權，海關不可能也不可能承擔全部保護職能。為了有重點地保護知識產權，集中力量打擊進出境環(huán)節(jié)的侵權行為，中國海關采取“備案先行”的原則保護知識產權。所謂“預備案”，是指商標所有人請求海關保護其與進出境貨物有關的商標權的，應當將其商標權向海關總署備案，并在認為必要時向海關申請采取保護措施；商標所有人請求海關對未向海關總署備案的商標權采取保護措施的，應當同時向海關總署提出申請。通過采取“備案先行”的原則，海關還可以對申請保護的商標權進行初步權利審核和有效性審核，防止無權申請保護的企業(yè)或個人申請保護，從而影響他人的正常進出口貿易。同時，在備案時，權利人應提供商標權現(xiàn)狀、權利人聯(lián)系方式、商標權的合法使用、涉嫌侵權單位、相關圖片和照片等信息。以便海關在日常監(jiān)管貨物中確定檢查重點，并及時進行比較。一旦發(fā)現(xiàn)涉嫌侵權商品，可以及時聯(lián)系權利人。海關保護和商標權備案也可以對進出口侵權商品的企業(yè)起到警示和威懾作用。

到2003年，在海關總署注冊的知識產權共有3728項，其中注冊為商標權的有2392項，約占69%。商標權注冊中，國內商標注冊1387件，約占58%。

2.“主動保護”與“被動保護”相結合的原則

國外知識產權海關保護主要有兩種類型：一種是遵循被動保護原則，即必須以知識產權權利人的保護意志為前提。權利人未申請保護的，海關不會主動調查；另一種是海關依職權主動調查。

鑒于侵犯商標權不僅直接損害權利人的利益，也侵害了國家和消費者的利益。海關作為進出境貨物的監(jiān)管機關，應當有權主動查處和扣押屬于禁止進出口貨物的商標侵權貨物。同時，海關對商標權的保護是以保證合法國際貿易暢通為前提的。海關不可能為了制止有商標侵權行為的進出境貨物而對所有進出境貨物進行逐一檢查。一般情況下，只有通過商標權人的申請，并提供盡可能詳細的信息，才能被查封。因此，根據中國的國情和國際海關慣例，中國海關采取了“積極保護”和“消極保護”相結合的原則。

3.保證與反擔保相結合的原則

商標權利人的申請經依法核準后

出于公平考慮，并鑒于商標權人在信息不完整或失真的情況下可能提出不當主張，為使雙方損失最小化，各國海關一般允許貨主對其貨物被扣押提出異議并有權申請通關，但同時必須提供反擔保。這種反擔?？梢员ＷC業(yè)主承擔相應的法律責任，如扣發(fā)等值價款、罰款等。當海關決定或法院判決確定其侵權時。

4.非商業(yè)性侵權商品的有限免責原則

在實施知識產權海關保護的國家和地區(qū)，侵犯知識產權的進出境貨物一般規(guī)定為禁止進出境貨物。同時，對少量攜帶、郵寄進出境的非商業(yè)侵權貨物采取有限豁免原則，不按侵權貨物處理，由海關放行。TRIPS協(xié)議也有類似的規(guī)定。

中國的知識產權海關保護也遵循這一國際慣例。個人攜帶進出境行李物品或者郵寄進出境物品超過自用合理數量，侵犯中華人民共和國法律、行政法規(guī)保護的知識產權的，視為侵權貨物，依照本條例的有關規(guī)定處理。相反，供個人使用的合理數量內的侵權郵遞物品，不能作為侵權物品處理。

5.不接受當事人之間民事糾紛的原則

商標侵權的貨物進出境不僅是行政違法行為(情節(jié)嚴重的甚至是犯罪行為)，也是民事侵權行為。

除海關對侵權人的行政處罰(或司法機關追究刑事責任)外，商標權人有權要求侵權人承擔相應的民事責任。此外，商標權人錯誤申請等不當行為也可能對所有人構成侵權，使其因貨物無法及時進出境而遭受損失，所有人也有權要求所有人承擔相應的民事責任。

根據我國《民法通則》等相關法律，當事人之間的民事糾紛可以通過協(xié)商、第三方調解、仲裁或司法等方式解決。

海關作為國家行政機關，負責對關境進出境進行監(jiān)督管理，沒有能力也無權受理民事糾紛。

6.保守商業(yè)秘密的原則

在實施商標權進出境保護過程中，海關通過備案、申請等方式辦理。